Agjencia Shtetërore për Mbrojtjen e të Drejtave të Fëmijës është person juridik, në varësi të ministrisë që bashkërendon punën për çështjet për mbrojtjen e fëmijës, financuar nga fondet e Buxhetit të Shtetit dhe donatorë të ndryshëm.
Agjencia drejtohet dhe përfaqësohet nga kryetari, i cili emërohet nga Kryeministri, me propozim të ministrit që bashkërendon punën për çështjet për mbrojtjen e fëmijës, pas  përfundimit të një procesi konkurrimi të hapur.
Struktura dhe organika e Agjencisë miratohen nga Kryeministri, me propozim të ministrit që bashkërendon punën për çështjet për mbrojtjen e fëmijës.
Rregullat e organizimit dhe të funksionimit të Agjencisë Shtetërore për Mbrojtjen e të Drejtave të Fëmijës përcaktohen në rregulloren e Agjencisë, e cila miratohet nga Këshilli i Ministrave.